在污水處理系統(tǒng)中，微生物所需的有機物稱為碳源。在活性污泥培養(yǎng)馴化階段，由于構(gòu)建的生物池中沒有微生物，因此需要對微生物進行培養(yǎng)、收集和馴化。這一階段微生物需要大量的碳源保持快速增長?，F(xiàn)階段，普通城市生活污水中的有機污染物作為碳源還不能滿足微生物的生長需求。同時，由于生活污水中的碳源是一種復雜的有機物，往往不能被初生長的微生物吸收利用。因此，在這個階段，補充碳源是很有必要的。在一些情況下，污水的碳氮比失衡，特別是在收集面積小、收集人口少，或在工業(yè)廢水廠，污水的碳氮比失衡。因此，在這樣的進水環(huán)境之中，需要為微生物補充碳源，以維持微生物的高活性。碳源在污水處理廠的使用主要分為提供微生物合成菌體繁殖的主要營養(yǎng)、附近反硝化的電子供體、生物除磷協(xié)助聚磷菌釋放。也可以說碳源就是污水廠維持微生物生長較主要的原料之一。

在水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境中的作用穩(wěn)固水體菌藻相平衡：碳是藻類十分重要的營養(yǎng)元素，相當于是藻類的骨架。向水體中補充含碳源的物質(zhì)能夠補充有機碳，穩(wěn)固水體菌藻相平衡，進而穩(wěn)定水體的pH。例如很多水產(chǎn)養(yǎng)殖池塘中如果水中缺碳，藻類生長緩慢或者不穩(wěn)定，補充像乙酸鈉這樣的碳源，可以為藻類的生長提供必要的碳元素，促進藻類的光合作用，增加水中的溶氧量；同時維持有益微生物在水體中的比例和活性，防止因天氣突變等原因引起水質(zhì)的劇烈變化，起到穩(wěn)定養(yǎng)殖水體生態(tài)環(huán)境的作用。促進有益微生物和藻類繁殖：水體中的碳源富含發(fā)酵蛋白、同城氨基酸和還原糖時，能有助于促進有益藻類和微生物的繁殖生長，穩(wěn)定水色。水產(chǎn)養(yǎng)殖中的藻類可以為養(yǎng)殖生物提供氧氣、本地作為食物來源等重要作用，有益微生物則有助于分解水體中的有害物質(zhì)、本地調(diào)節(jié)水體生態(tài)環(huán)境等，所以碳源通過促進它們的生長對整個養(yǎng)殖環(huán)境產(chǎn)生積極影響，如新生成的有益微生物能夠分解殘餌、糞便等，防止水中有機物的過度積累。